Успех современных исследований методами сканирующей электронной микроскопии во многом зависит от методики пробоподготовки: лишь корректно подобранная и качественно исполненная, она способна обеспечить достоверный результат. Особенно чувствительными к вопросу подбора правильной методики пробоподготовки являются очень мягкие или особо твёрдые, пористые, многослойные, деликатные объекты, наноматериалы, а также тонкие образцы, предназначенные для исследований методами сканирующей и просвечивающей электронной микроскопии. Задача пробоподготовки — сформировать поверхность или срез, пригодные для анализа, сохранив исходную структуру материала и сведя к минимуму дефекты и артефакты, возникающие при обработке. При этом методы предварительной подготовки и последовательность ее этапов сильно варьируются в зависимости от природы образца и задач исследования: например, подготовка биологических тканей существенно отличается от подготовки металлов, керамики или полупроводников.
Если для классического элементного микроанализа, в рамках сканирующей электронной микроскопии, достаточно сделать только горизонтальный и полированный шлиф с одной стороны образца, то для исследований методами просвечивающей электронной микроскопии или получения сигнала электронной дифракции обязательно требуется удаление тонкого деформированного слоя (Bielby layer), который всегда в той или иной степени присутствует на поверхности. Причём в случае просвечивающей электронной микроскопии требуется уже подготовка бездефектной поверхности с двух сторон тонкого образца. В этой связи специалисты выделают в отдельную категорию методы финальной подготовки поверхности: механические (например, полировка в растворе коллоидного Si-O с контролем уровня pH), ультрамикротомирование, сколы, химическое или электролитическое травление, вибрационные или ионные. Каждое из этих направлений имеет свои ограничения, преимущества и недостатки, но все они играют решающую роль на этапе финальной подготовки поверхности образца.
Неправильная пробоподготовка, как на начальных, так и на финальном этапе может в лучшем случае привести к отсутствию полезного сигнала, а в худшем — показать ложную структуру, возникшую на поверхности, например, в процессе рекристаллизации. Методика ионного травления поверхности широким пучком ионов является одним из вариантов финального этапа пробоподготовки и не заменяет, а дополняет предварительные этапы механической подготовки. Например, ионная полировка применяется на конечном этапе пробоподготовки для снятия аморфного (деформированного, наклёпанного) слоя, толщина которого на финальном этапе обычно составляет около 100 нм. Таким образом, время обработки ионами измеряется в единицах или первых десятках минут. В противном случае высока вероятность перетравить образец, другими словами, испорть качество поверхности. Методы дифракции обратно (вперёд) рассеянных электронов (EBSD, TKD), как и методы просвечивающей электронной микроскопии (TEM, XTEM, STEM, UHRTEM), хорошо подходят для контроля и оценки качества подготавливаемой поверхности. В некоторых экспериментах качество подготовленной поверхности можно оценить даже количественно, например, используя такой числовой параметр как Image Quality или Band Contrast, получаемые из статистики анализа EBSD.